data_UDF
# 
_chem_comp.id                                    UDF 
_chem_comp.name                                  "~{N}-[(3~{S},6~{S},12~{R},15~{S},16~{R},19~{S},22~{S},24~{R})-12-[2-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]ethyl]-4,16-dimethyl-24-oxidanyl-2,5,11,14,18,21-hexakis(oxidanylidene)-19-phenyl-3-(phenylmethyl)-17-oxa-1,4,10,13,20-pentazatricyclo[20.4.0.0^{6,10}]hexacosan-15-yl]-3-oxidanyl-pyridine-2-carboxamide" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C43 H51 N10 O10" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2022-08-17 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2023-06-23 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        867.926 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     UDF 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   Y 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        8E32 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
UDF C4  C1  C 0 1 N N N 182.447 194.898 187.774 ? ? ? C4  UDF 1   
UDF N3  N1  N 0 1 N N N 183.463 194.146 185.563 ? ? ? N3  UDF 2   
UDF C2  C2  C 0 1 N N N 181.519 195.742 185.562 ? ? ? C2  UDF 3   
UDF N1  N2  N 0 1 N N N 182.319 189.404 182.020 ? ? ? N1  UDF 4   
UDF C6  C3  C 0 1 Y N N 180.711 196.505 188.703 ? ? ? C6  UDF 5   
UDF C5  C4  C 0 1 Y N N 181.207 195.189 188.598 ? ? ? C5  UDF 6   
UDF C1  C5  C 0 1 N N R 183.722 189.773 181.869 ? ? ? C1  UDF 7   
UDF O1  O1  O 0 1 N N N 183.674 190.509 184.122 ? ? ? O1  UDF 8   
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UDF O2  O2  O 0 1 N N N 178.877 185.124 184.771 ? ? ? O2  UDF 10  
UDF C3  C6  C 0 1 N N N 184.763 194.460 186.187 ? ? ? C3  UDF 11  
UDF O3  O3  O 0 1 N N N 182.289 193.324 183.797 ? ? ? O3  UDF 12  
UDF N4  N4  N 0 1 N N N 180.267 195.638 185.030 ? ? ? N4  UDF 13  
UDF O4  O4  O 0 1 N N N 182.180 196.780 185.509 ? ? ? O4  UDF 14  
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UDF N6  N6  N 0 1 N N N 179.680 188.855 182.854 ? ? ? N6  UDF 17  
UDF O6  O6  O 0 1 N N N 176.677 196.028 184.806 ? ? ? O6  UDF 18  
UDF C7  C7  C 0 1 Y N N 179.522 196.747 189.375 ? ? ? C7  UDF 19  
UDF N7  N7  N 0 1 Y N N 179.236 188.642 185.626 ? ? ? N7  UDF 20  
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UDF C8  C8  C 0 1 Y N N 178.807 195.695 189.930 ? ? ? C8  UDF 22  
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UDF O8  O8  O 0 1 N N N 179.223 191.448 181.428 ? ? ? O8  UDF 24  
UDF C9  C9  C 0 1 Y N N 179.270 194.391 189.813 ? ? ? C9  UDF 25  
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UDF C10 C10 C 0 1 Y N N 180.454 194.127 189.140 ? ? ? C10 UDF 28  
UDF N10 N10 N 0 1 N N N 186.492 189.090 185.058 ? ? ? N10 UDF 29  
UDF O10 O10 O 0 1 N N N 179.887 186.615 182.753 ? ? ? O10 UDF 30  
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UDF C13 C13 C 0 1 N N N 178.900 194.016 183.669 ? ? ? C13 UDF 33  
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UDF C26 C26 C 0 1 Y N N 181.490 195.485 181.003 ? ? ? C26 UDF 46  
UDF C27 C27 C 0 1 N N R 178.921 190.166 180.868 ? ? ? C27 UDF 47  
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UDF C39 C39 C 0 1 N N N 183.372 193.539 184.346 ? ? ? C39 UDF 59  
UDF C40 C40 C 0 1 N N N 185.135 194.302 182.695 ? ? ? C40 UDF 60  
UDF C41 C41 C 0 1 N N N 185.783 193.647 181.493 ? ? ? C41 UDF 61  
UDF C42 C42 C 0 1 N N N 184.925 192.412 181.276 ? ? ? C42 UDF 62  
UDF C43 C43 C 0 1 N N S 182.210 194.547 186.276 ? ? ? C43 UDF 63  
UDF H7  H1  H 0 1 N N N 182.967 194.048 188.240 ? ? ? H7  UDF 64  
UDF H6  H2  H 0 1 N N N 183.092 195.788 187.812 ? ? ? H6  UDF 65  
UDF H2  H3  H 0 1 N N N 182.031 189.056 182.912 ? ? ? H2  UDF 66  
UDF H9  H4  H 0 1 N N N 181.257 197.325 188.260 ? ? ? H9  UDF 67  
UDF H1  H5  H 0 1 N N N 183.909 190.215 180.879 ? ? ? H1  UDF 68  
UDF HO2 H6  H 0 1 N N N 179.211 185.267 183.893 ? ? ? HO2 UDF 69  
UDF H5  H7  H 0 1 N N N 184.596 194.945 187.160 ? ? ? H5  UDF 70  
UDF H4  H8  H 0 1 N N N 185.333 193.531 186.334 ? ? ? H4  UDF 71  
UDF H3  H9  H 0 1 N N N 185.330 195.138 185.532 ? ? ? H3  UDF 72  
UDF H8  H10 H 0 1 N N N 180.762 193.659 183.033 ? ? ? H8  UDF 73  
UDF H10 H11 H 0 1 N N N 179.527 189.638 183.457 ? ? ? H10 UDF 74  
UDF H11 H12 H 0 1 N N N 176.946 195.316 184.237 ? ? ? H11 UDF 75  
UDF H12 H13 H 0 1 N N N 179.151 197.757 189.467 ? ? ? H12 UDF 76  
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UDF H15 H15 H 0 1 N N N 178.706 193.579 190.248 ? ? ? H15 UDF 78  
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UDF H51 H17 H 0 1 N N N 185.896 189.802 185.429 ? ? ? H51 UDF 80  
UDF H17 H18 H 0 1 N N N 179.997 193.582 185.485 ? ? ? H17 UDF 81  
UDF H18 H19 H 0 1 N N N 180.313 197.710 184.550 ? ? ? H18 UDF 82  
UDF H19 H20 H 0 1 N N N 179.084 196.752 183.657 ? ? ? H19 UDF 83  
UDF H20 H21 H 0 1 N N N 179.074 197.379 186.667 ? ? ? H20 UDF 84  
UDF H21 H22 H 0 1 N N N 178.002 198.120 185.431 ? ? ? H21 UDF 85  
UDF H22 H23 H 0 1 N N N 176.946 196.286 186.841 ? ? ? H22 UDF 86  
UDF H23 H24 H 0 1 N N N 177.513 193.929 186.021 ? ? ? H23 UDF 87  
UDF H24 H25 H 0 1 N N N 178.701 194.720 187.111 ? ? ? H24 UDF 88  
UDF H25 H26 H 0 1 N N N 178.862 194.649 181.084 ? ? ? H25 UDF 89  
UDF H26 H27 H 0 1 N N N 180.969 192.732 179.091 ? ? ? H26 UDF 90  
UDF H27 H28 H 0 1 N N N 182.959 193.635 177.948 ? ? ? H27 UDF 91  
UDF H29 H29 H 0 1 N N N 184.243 187.744 181.377 ? ? ? H29 UDF 92  
UDF H28 H30 H 0 1 N N N 184.491 188.185 183.101 ? ? ? H28 UDF 93  
UDF H30 H31 H 0 1 N N N 184.011 195.716 178.760 ? ? ? H30 UDF 94  
UDF H31 H32 H 0 1 N N N 183.081 196.896 180.720 ? ? ? H31 UDF 95  
UDF H32 H33 H 0 1 N N N 181.086 196.007 181.858 ? ? ? H32 UDF 96  
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UDF H34 H35 H 0 1 N N N 179.713 188.195 180.892 ? ? ? H34 UDF 98  
UDF H36 H36 H 0 1 N N N 177.214 188.829 180.734 ? ? ? H36 UDF 99  
UDF H35 H37 H 0 1 N N N 177.290 189.787 182.251 ? ? ? H35 UDF 100 
UDF H37 H38 H 0 1 N N N 176.793 190.575 180.715 ? ? ? H37 UDF 101 
UDF H38 H39 H 0 1 N N N 178.892 189.582 187.482 ? ? ? H38 UDF 102 
UDF H39 H40 H 0 1 N N N 185.435 192.873 184.291 ? ? ? H39 UDF 103 
UDF H40 H41 H 0 1 N N N 178.225 187.455 188.589 ? ? ? H40 UDF 104 
UDF H41 H42 H 0 1 N N N 178.232 185.349 187.272 ? ? ? H41 UDF 105 
UDF H43 H43 H 0 1 N N N 186.601 187.709 181.813 ? ? ? H43 UDF 106 
UDF H42 H44 H 0 1 N N N 186.254 189.151 180.800 ? ? ? H42 UDF 107 
UDF H45 H45 H 0 1 N N N 185.866 194.916 183.242 ? ? ? H45 UDF 108 
UDF H44 H46 H 0 1 N N N 184.289 194.931 182.383 ? ? ? H44 UDF 109 
UDF H47 H47 H 0 1 N N N 186.826 193.372 181.707 ? ? ? H47 UDF 110 
UDF H46 H48 H 0 1 N N N 185.751 194.310 180.616 ? ? ? H46 UDF 111 
UDF H49 H49 H 0 1 N N N 184.073 192.644 180.621 ? ? ? H49 UDF 112 
UDF H48 H50 H 0 1 N N N 185.520 191.602 180.830 ? ? ? H48 UDF 113 
UDF H50 H51 H 0 1 N N N 181.512 193.697 186.244 ? ? ? H50 UDF 114 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
UDF C22 C24 DOUB Y N 1   
UDF C22 C21 SING Y N 2   
UDF C24 C25 SING Y N 3   
UDF C21 C20 DOUB Y N 4   
UDF O7  C19 DOUB N N 5   
UDF O9  C29 DOUB N N 6   
UDF C25 C26 DOUB Y N 7   
UDF C20 C26 SING Y N 8   
UDF C20 C18 SING N N 9   
UDF C19 C18 SING N N 10  
UDF C19 O8  SING N N 11  
UDF C27 C30 SING N N 12  
UDF C27 O8  SING N N 13  
UDF C27 C28 SING N N 14  
UDF C29 C28 SING N N 15  
UDF C29 N1  SING N N 16  
UDF C18 N5  SING N N 17  
UDF C42 C41 SING N N 18  
UDF C42 N2  SING N N 19  
UDF C28 N6  SING N N 20  
UDF C41 C40 SING N N 21  
UDF C38 C23 SING N N 22  
UDF C38 N8  SING N N 23  
UDF C1  N1  SING N N 24  
UDF C1  C23 SING N N 25  
UDF C1  C12 SING N N 26  
UDF N2  C12 SING N N 27  
UDF N2  C34 SING N N 28  
UDF C40 C34 SING N N 29  
UDF N5  C13 SING N N 30  
UDF O10 C31 DOUB N N 31  
UDF N8  N9  DOUB N N 32  
UDF N6  C31 SING N N 33  
UDF C12 O1  DOUB N N 34  
UDF C31 C32 SING N N 35  
UDF O5  C13 DOUB N N 36  
UDF C34 C39 SING N N 37  
UDF C13 C11 SING N N 38  
UDF O3  C39 DOUB N N 39  
UDF N9  N10 DOUB N N 40  
UDF C39 N3  SING N N 41  
UDF C14 N4  SING N N 42  
UDF C14 C15 SING N N 43  
UDF O2  C37 SING N N 44  
UDF O6  C16 SING N N 45  
UDF C32 C37 DOUB Y N 46  
UDF C32 N7  SING Y N 47  
UDF N4  C11 SING N N 48  
UDF N4  C2  SING N N 49  
UDF C11 C17 SING N N 50  
UDF C37 C36 SING Y N 51  
UDF O4  C2  DOUB N N 52  
UDF C2  C43 SING N N 53  
UDF N3  C3  SING N N 54  
UDF N3  C43 SING N N 55  
UDF N7  C33 DOUB Y N 56  
UDF C15 C16 SING N N 57  
UDF C16 C17 SING N N 58  
UDF C43 C4  SING N N 59  
UDF C36 C35 DOUB Y N 60  
UDF C33 C35 SING Y N 61  
UDF C4  C5  SING N N 62  
UDF C5  C6  DOUB Y N 63  
UDF C5  C10 SING Y N 64  
UDF C6  C7  SING Y N 65  
UDF C10 C9  DOUB Y N 66  
UDF C7  C8  DOUB Y N 67  
UDF C9  C8  SING Y N 68  
UDF C4  H7  SING N N 69  
UDF C4  H6  SING N N 70  
UDF N1  H2  SING N N 71  
UDF C6  H9  SING N N 72  
UDF C1  H1  SING N N 73  
UDF O2  HO2 SING N N 74  
UDF C3  H5  SING N N 75  
UDF C3  H4  SING N N 76  
UDF C3  H3  SING N N 77  
UDF N5  H8  SING N N 78  
UDF N6  H10 SING N N 79  
UDF O6  H11 SING N N 80  
UDF C7  H12 SING N N 81  
UDF C8  H14 SING N N 82  
UDF C9  H15 SING N N 83  
UDF C10 H16 SING N N 84  
UDF N10 H51 SING N N 85  
UDF C11 H17 SING N N 86  
UDF C14 H18 SING N N 87  
UDF C14 H19 SING N N 88  
UDF C15 H20 SING N N 89  
UDF C15 H21 SING N N 90  
UDF C16 H22 SING N N 91  
UDF C17 H23 SING N N 92  
UDF C17 H24 SING N N 93  
UDF C18 H25 SING N N 94  
UDF C21 H26 SING N N 95  
UDF C22 H27 SING N N 96  
UDF C23 H29 SING N N 97  
UDF C23 H28 SING N N 98  
UDF C24 H30 SING N N 99  
UDF C25 H31 SING N N 100 
UDF C26 H32 SING N N 101 
UDF C27 H33 SING N N 102 
UDF C28 H34 SING N N 103 
UDF C30 H36 SING N N 104 
UDF C30 H35 SING N N 105 
UDF C30 H37 SING N N 106 
UDF C33 H38 SING N N 107 
UDF C34 H39 SING N N 108 
UDF C35 H40 SING N N 109 
UDF C36 H41 SING N N 110 
UDF C38 H43 SING N N 111 
UDF C38 H42 SING N N 112 
UDF C40 H45 SING N N 113 
UDF C40 H44 SING N N 114 
UDF C41 H47 SING N N 115 
UDF C41 H46 SING N N 116 
UDF C42 H49 SING N N 117 
UDF C42 H48 SING N N 118 
UDF C43 H50 SING N N 119 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
UDF InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C43H51N10O10/c1-25-34(48-39(58)36-33(55)16-9-19-45-36)38(57)47-29(17-20-46-50-44)40(59)52-21-10-15-30(52)41(60)51(2)32(23-26-11-5-3-6-12-26)42(61)53-22-18-28(54)24-31(53)37(56)49-35(43(62)63-25)27-13-7-4-8-14-27/h3-9,11-14,16,19,25,28-32,34-35,44,54-55H,10,15,17-18,20-24H2,1-2H3,(H,47,57)(H,48,58)(H,49,56)/t25-,28-,29-,30+,31+,32+,34+,35+/m1/s1" 
UDF InChIKey         InChI                1.06  GGUGHAXGYRHUOM-RILDDUCRSA-N                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
UDF SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "C[C@H]1OC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H]2C[C@H](O)CCN2C(=O)[C@H](Cc3ccccc3)N(C)C(=O)[C@@H]4CCCN4C(=O)[C@@H](CCN=[N]=N)NC(=O)[C@H]1NC(=O)c5ncccc5O)c6ccccc6"                                                                                                                                                                                                                  
UDF SMILES           CACTVS               3.385 "C[CH]1OC(=O)[CH](NC(=O)[CH]2C[CH](O)CCN2C(=O)[CH](Cc3ccccc3)N(C)C(=O)[CH]4CCCN4C(=O)[CH](CCN=[N]=N)NC(=O)[CH]1NC(=O)c5ncccc5O)c6ccccc6"                                                                                                                                                                                                                              
UDF SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[C@@H]1[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N2CCC[C@H]2C(=O)N([C@H](C(=O)N3CC[C@H](C[C@H]3C(=O)N[C@H](C(=O)O1)c4ccccc4)O)Cc5ccccc5)C)CCN=[N]=N)NC(=O)c6c(cccn6)O"                                                                                                                                                                                                               
UDF SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC1C(C(=O)NC(C(=O)N2CCCC2C(=O)N(C(C(=O)N3CCC(CC3C(=O)NC(C(=O)O1)c4ccccc4)O)Cc5ccccc5)C)CCN=[N]=N)NC(=O)c6c(cccn6)O"                                                                                                                                                                                                                                                  
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           UDF 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.7 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "~{N}-[(3~{S},6~{S},12~{R},15~{S},16~{R},19~{S},22~{S},24~{R})-12-[2-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]ethyl]-4,16-dimethyl-24-oxidanyl-2,5,11,14,18,21-hexakis(oxidanylidene)-19-phenyl-3-(phenylmethyl)-17-oxa-1,4,10,13,20-pentazatricyclo[20.4.0.0^{6,10}]hexacosan-15-yl]-3-oxidanyl-pyridine-2-carboxamide" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
UDF "Create component" 2022-08-17 RCSB 
UDF "Initial release"  2023-06-28 RCSB 
# 
