data_ROJ
# 
_chem_comp.id                                    ROJ 
_chem_comp.name                                  "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R})-4-chloranyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C15 H22 Cl N5 O12 P2" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2020-02-18 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-09-27 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        561.762 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     ROJ 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        6VUA 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
_chem_comp.pdbx_pcm                              Y 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
ROJ C2  C1  C  0 1 N N R N N N -11.185 -20.441 9.541  -7.551 -2.843 0.834  C2  ROJ 1  
ROJ C4  C2  C  0 1 N N R N N N -9.077  -19.648 10.266 -5.577 -1.594 0.142  C4  ROJ 2  
ROJ C5  C3  C  0 1 N N N N N N -7.782  -19.918 9.558  -5.273 -0.313 -0.638 C5  ROJ 3  
ROJ C6  C4  C  0 1 N N N N N N -5.214  -21.498 5.861  1.913  2.810  -0.029 C6  ROJ 4  
ROJ O6  O1  O  0 1 N N N N N N -5.567  -19.112 7.613  -1.958 1.849  -0.133 O6  ROJ 5  
ROJ C8  C5  C  0 1 N N R N N N -7.836  -23.859 5.288  4.428  0.281  0.728  C8  ROJ 6  
ROJ N1  N1  N  0 1 Y N N N N N -8.342  -24.437 6.529  4.950  -0.801 -0.111 N1  ROJ 7  
ROJ N3  N2  N  0 1 N N N N N N -9.399  -27.346 10.038 7.200  -4.477 -1.830 N3  ROJ 8  
ROJ O1  O2  O  0 1 N N N N N N -10.245 -21.272 11.586 -6.487 -3.335 -1.312 O1  ROJ 9  
ROJ C1  C6  C  0 1 N N R N N N -9.937  -20.830 10.290 -6.843 -2.278 -0.419 C1  ROJ 10 
ROJ CL1 CL1 CL 0 0 N N N N N N -11.035 -20.818 7.793  -9.182 -2.100 1.026  CL1 ROJ 11 
ROJ C3  C7  C  0 1 N N N N N N -11.179 -18.920 9.607  -6.628 -2.433 2.003  C3  ROJ 12 
ROJ O2  O3  O  0 1 N N N N N N -9.805  -18.529 9.659  -5.902 -1.283 1.515  O2  ROJ 13 
ROJ O3  O4  O  0 1 N N N N N N -7.072  -18.682 9.463  -4.038 0.241  -0.182 O3  ROJ 14 
ROJ P1  P1  P  0 1 N N N N N N -5.517  -18.718 9.171  -3.408 1.595  -0.785 P1  ROJ 15 
ROJ O4  O5  O  0 1 N N N N N N -5.061  -17.314 9.345  -3.274 1.465  -2.253 O4  ROJ 16 
ROJ O5  O6  O  0 1 N N N N N N -4.872  -19.802 9.922  -4.376 2.836  -0.442 O5  ROJ 17 
ROJ P2  P2  P  0 1 N N N N N N -4.432  -19.156 6.474  -0.716 2.803  -0.506 P2  ROJ 18 
ROJ O7  O7  O  0 1 N N N N N N -3.191  -19.745 7.004  -1.010 4.297  0.018  O7  ROJ 19 
ROJ O8  O8  O  0 1 N N N N N N -4.370  -17.831 5.782  -0.533 2.823  -1.975 O8  ROJ 20 
ROJ O9  O9  O  0 1 N N N N N N -5.137  -20.133 5.429  0.621  2.242  0.194  O9  ROJ 21 
ROJ C7  C8  C  0 1 N N R N N N -6.290  -22.137 4.988  2.955  2.041  0.785  C7  ROJ 22 
ROJ O10 O10 O  0 1 N N N N N N -6.495  -23.476 5.506  3.138  0.715  0.243  O10 ROJ 23 
ROJ C9  C9  C  0 1 Y N N N N N -8.997  -23.775 7.607  4.613  -1.050 -1.408 C9  ROJ 24 
ROJ N2  N3  N  0 1 Y N N N N N -9.270  -24.583 8.596  5.266  -2.087 -1.846 N2  ROJ 25 
ROJ C10 C10 C  0 1 Y N N N N N -8.834  -25.835 8.173  6.062  -2.567 -0.861 C10 ROJ 26 
ROJ C11 C11 C  0 1 Y N N N N N -8.848  -27.084 8.790  6.969  -3.636 -0.756 C11 ROJ 27 
ROJ N4  N4  N  0 1 Y N N N N N -8.314  -28.130 8.100  7.598  -3.821 0.400  N4  ROJ 28 
ROJ C12 C12 C  0 1 Y N N N N N -7.725  -27.941 6.884  7.383  -3.023 1.431  C12 ROJ 29 
ROJ N5  N5  N  0 1 Y N N N N N -7.692  -26.759 6.189  6.544  -2.011 1.378  N5  ROJ 30 
ROJ C13 C13 C  0 1 Y N N N N N -8.222  -25.752 6.912  5.873  -1.745 0.262  C13 ROJ 31 
ROJ C14 C14 C  0 1 N N R N N N -8.604  -22.678 4.760  5.331  1.529  0.620  C14 ROJ 32 
ROJ O11 O11 O  0 1 N N N N N N -8.827  -22.814 3.372  6.231  1.593  1.728  O11 ROJ 33 
ROJ C15 C15 C  0 1 N N S N N N -7.695  -21.538 5.006  4.340  2.714  0.659  C15 ROJ 34 
ROJ O12 O12 O  0 1 N N N N N N -7.906  -20.500 4.057  4.598  3.546  1.792  O12 ROJ 35 
ROJ H1  H1  H  0 1 N N N N N N -12.103 -20.894 9.943  -7.629 -3.928 0.771  H1  ROJ 36 
ROJ H2  H2  H  0 1 N N N N N N -8.839  -19.377 11.305 -4.727 -2.274 0.098  H2  ROJ 37 
ROJ H3  H3  H  0 1 N N N N N N -7.981  -20.314 8.551  -5.198 -0.544 -1.701 H3  ROJ 38 
ROJ H4  H4  H  0 1 N N N N N N -7.189  -20.648 10.128 -6.076 0.408  -0.480 H4  ROJ 39 
ROJ H5  H5  H  0 1 N N N N N N -5.498  -21.551 6.922  2.160  2.746  -1.089 H5  ROJ 40 
ROJ H6  H6  H  0 1 N N N N N N -4.248  -22.004 5.714  1.909  3.855  0.281  H6  ROJ 41 
ROJ H7  H7  H  0 1 N N N N N N -7.858  -24.640 4.514  4.353  -0.047 1.765  H7  ROJ 42 
ROJ H8  H8  H  0 1 N N N N N N -9.311  -28.321 10.244 6.734  -4.332 -2.668 H8  ROJ 43 
ROJ H9  H9  H  0 1 N N N N N N -8.917  -26.813 10.734 7.828  -5.211 -1.745 H9  ROJ 44 
ROJ H10 H10 H  0 1 N N N N N N -9.444  -21.511 12.038 -7.242 -3.838 -1.647 H10 ROJ 45 
ROJ H11 H11 H  0 1 N N N N N N -9.441  -21.639 9.733  -7.480 -1.550 -0.921 H11 ROJ 46 
ROJ H12 H12 H  0 1 N N N N N N -11.662 -18.498 8.714  -7.221 -2.164 2.877  H12 ROJ 47 
ROJ H13 H13 H  0 1 N N N N N N -11.708 -18.575 10.508 -5.939 -3.242 2.244  H13 ROJ 48 
ROJ H14 H14 H  0 1 N N N N N N -4.186  -19.442 10.472 -4.510 2.980  0.504  H14 ROJ 49 
ROJ H15 H15 H  0 1 N N N N N N -2.462  -19.164 6.823  -1.141 4.359  0.975  H15 ROJ 50 
ROJ H16 H16 H  0 1 N N N N N N -5.931  -22.183 3.949  2.655  1.985  1.832  H16 ROJ 51 
ROJ H17 H17 H  0 1 N N N N N N -9.241  -22.723 7.606  3.907  -0.473 -1.987 H17 ROJ 52 
ROJ H18 H18 H  0 1 N N N N N N -7.244  -28.795 6.430  7.916  -3.210 2.352  H18 ROJ 53 
ROJ H19 H19 H  0 1 N N N N N N -9.546  -22.553 5.315  5.881  1.522  -0.321 H19 ROJ 54 
ROJ H20 H20 H  0 1 N N N N N N -9.411  -23.547 3.215  6.781  2.388  1.742  H20 ROJ 55 
ROJ H21 H21 H  0 1 N N N N N N -7.885  -21.150 6.018  4.401  3.293  -0.263 H21 ROJ 56 
ROJ H22 H22 H  0 1 N N N N N N -7.312  -19.781 4.236  5.455  3.993  1.764  H22 ROJ 57 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
ROJ O11 C14 SING N N 1  
ROJ O12 C15 SING N N 2  
ROJ C14 C15 SING N N 3  
ROJ C14 C8  SING N N 4  
ROJ C7  C15 SING N N 5  
ROJ C7  O10 SING N N 6  
ROJ C7  C6  SING N N 7  
ROJ C8  O10 SING N N 8  
ROJ C8  N1  SING N N 9  
ROJ O9  C6  SING N N 10 
ROJ O9  P2  SING N N 11 
ROJ O8  P2  DOUB N N 12 
ROJ N5  C12 DOUB Y N 13 
ROJ N5  C13 SING Y N 14 
ROJ P2  O7  SING N N 15 
ROJ P2  O6  SING N N 16 
ROJ N1  C13 SING Y N 17 
ROJ N1  C9  SING Y N 18 
ROJ C12 N4  SING Y N 19 
ROJ C13 C10 DOUB Y N 20 
ROJ C9  N2  DOUB Y N 21 
ROJ O6  P1  SING N N 22 
ROJ CL1 C2  SING N N 23 
ROJ N4  C11 DOUB Y N 24 
ROJ C10 N2  SING Y N 25 
ROJ C10 C11 SING Y N 26 
ROJ C11 N3  SING N N 27 
ROJ P1  O4  DOUB N N 28 
ROJ P1  O3  SING N N 29 
ROJ P1  O5  SING N N 30 
ROJ O3  C5  SING N N 31 
ROJ C2  C3  SING N N 32 
ROJ C2  C1  SING N N 33 
ROJ C5  C4  SING N N 34 
ROJ C3  O2  SING N N 35 
ROJ O2  C4  SING N N 36 
ROJ C4  C1  SING N N 37 
ROJ C1  O1  SING N N 38 
ROJ C2  H1  SING N N 39 
ROJ C4  H2  SING N N 40 
ROJ C5  H3  SING N N 41 
ROJ C5  H4  SING N N 42 
ROJ C6  H5  SING N N 43 
ROJ C6  H6  SING N N 44 
ROJ C8  H7  SING N N 45 
ROJ N3  H8  SING N N 46 
ROJ N3  H9  SING N N 47 
ROJ O1  H10 SING N N 48 
ROJ C1  H11 SING N N 49 
ROJ C3  H12 SING N N 50 
ROJ C3  H13 SING N N 51 
ROJ O5  H14 SING N N 52 
ROJ O7  H15 SING N N 53 
ROJ C7  H16 SING N N 54 
ROJ C9  H17 SING N N 55 
ROJ C12 H18 SING N N 56 
ROJ C14 H19 SING N N 57 
ROJ O11 H20 SING N N 58 
ROJ C15 H21 SING N N 59 
ROJ O12 H22 SING N N 60 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
ROJ SMILES           ACDLabs              12.01 "C1(COC(C1O)COP(OP(O)(=O)OCC2C(C(C(O2)n3c4c(nc3)c(N)ncn4)O)O)(=O)O)Cl"                                                                                                                                                          
ROJ InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C15H22ClN5O12P2/c16-6-1-29-7(10(6)22)2-30-34(25,26)33-35(27,28)31-3-8-11(23)12(24)15(32-8)21-5-20-9-13(17)18-4-19-14(9)21/h4-8,10-12,15,22-24H,1-3H2,(H,25,26)(H,27,28)(H2,17,18,19)/t6-,7-,8-,10+,11-,12-,15-/m1/s1" 
ROJ InChIKey         InChI                1.03  JYKQNUHEQVWWJW-WFCIOUKESA-N                                                                                                                                                                                                     
ROJ SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)OC[C@H]4OC[C@@H](Cl)[C@@H]4O)[C@@H](O)[C@H]3O"                                                                                                                            
ROJ SMILES           CACTVS               3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[CH]3O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)OC[CH]4OC[CH](Cl)[CH]4O)[CH](O)[CH]3O"                                                                                                                                       
ROJ SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@@H]4[C@H]([C@@H](CO4)Cl)O)O)O)N"                                                                                                                        
ROJ SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC4C(C(CO4)Cl)O)O)O)N"                                                                                                                                                        
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
ROJ "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              12.01 "[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-chloro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)"       
ROJ "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R})-4-chloranyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
ROJ "Create component" 2020-02-18 RCSB 
ROJ "Initial release"  2020-06-03 RCSB 
ROJ "Modify PCM"       2024-09-27 PDBE 
# 
_pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id                             1 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id                            ROJ 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id                GLU 
_pdbx_chem_comp_pcm.type                               None 
_pdbx_chem_comp_pcm.category                           "Covalent chemical modification" 
_pdbx_chem_comp_pcm.position                           "Amino-acid side chain" 
_pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position               "Any position" 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom               C3 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom   OE2 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession     ? 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession      ? 
# 
