data_KIO
# 
_chem_comp.id                                    KIO 
_chem_comp.name                                  "(1~{R},22~{R},23~{S},24~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-23,24-bis(oxidanyl)-25-oxa-2,4,6,9,14,17,20-heptazatetracyclo[20.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]pentacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,19-dione" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C27 H31 N13 O8" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2022-05-25 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2023-01-06 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        665.617 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     KIO 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        7ZZH 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBE 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
KIO N1  N1  N 0 1 Y N N 19.671 4.242  7.728  9.151  -1.825 0.084  N1  KIO 1  
KIO C7  C1  C 0 1 N N N 13.991 9.893  10.495 1.128  1.629  -0.347 C7  KIO 2  
KIO C8  C2  C 0 1 N N N 14.343 10.799 12.747 0.121  0.850  -2.405 C8  KIO 3  
KIO N2  N2  N 0 1 Y N N 19.205 6.370  8.755  6.853  -2.074 0.083  N2  KIO 4  
KIO C9  C3  C 0 1 N N N 15.791 11.060 12.815 -0.691 0.169  -1.378 C9  KIO 5  
KIO O1  O1  O 0 1 N N N 18.854 8.358  12.836 -3.790 0.836  0.063  O1  KIO 6  
KIO C1  C4  C 0 1 Y N N 19.989 5.348  8.408  8.068  -2.579 0.130  C1  KIO 7  
KIO O5  O2  O 0 1 N N N 18.559 9.385  16.223 -6.889 -0.474 -0.946 O5  KIO 8  
KIO C5  C5  C 0 1 N N R 16.932 8.372  9.049  4.169  -0.363 -0.065 C5  KIO 9  
KIO C6  C6  C 0 1 N N R 15.404 9.846  9.948  2.002  0.382  -0.192 C6  KIO 10 
KIO N3  N3  N 0 1 Y N N 16.133 5.266  7.301  7.328  1.354  -0.166 N3  KIO 11 
KIO C4  C7  C 0 1 Y N N 15.835 6.430  7.830  6.026  1.342  -0.176 C4  KIO 12 
KIO O4  O3  O 0 1 N N N 18.312 6.785  15.842 -7.160 1.696  0.337  O4  KIO 13 
KIO C3  C8  C 0 1 Y N N 17.474 5.098  7.608  7.790  0.084  -0.068 C3  KIO 14 
KIO O3  O4  O 0 1 N N N 12.798 7.677  14.365 0.031  3.234  0.384  O3  KIO 15 
KIO C2  C9  C 0 1 Y N N 17.954 6.183  8.327  6.668  -0.762 -0.015 C2  KIO 16 
KIO N4  N4  N 0 1 Y N N 16.888 7.038  8.461  5.572  0.060  -0.085 N4  KIO 17 
KIO N   N5  N 0 1 N N N 18.105 2.989  6.583  10.206 0.280  -0.062 N   KIO 18 
KIO C   C10 C 0 1 Y N N 18.401 4.082  7.300  9.066  -0.502 -0.014 C   KIO 19 
KIO O   O5  O 0 1 N N N 15.900 8.497  10.013 3.334  0.636  -0.688 O   KIO 20 
KIO C10 C11 C 0 1 N N N 16.965 11.205 12.970 -1.446 -0.569 -0.834 C10 KIO 21 
KIO C11 C12 C 0 1 Y N N 18.344 11.482 12.848 -2.388 -1.628 -0.602 C11 KIO 22 
KIO C12 C13 C 0 1 Y N N 20.218 12.396 12.383 -3.206 -3.614 -0.268 C12 KIO 23 
KIO C13 C14 C 0 1 Y N N 21.297 13.178 11.925 -3.480 -4.981 -0.072 C13 KIO 24 
KIO C14 C15 C 0 1 Y N N 22.697 11.504 12.704 -5.727 -4.472 0.068  C14 KIO 25 
KIO C15 C16 C 0 1 Y N N 20.532 11.186 12.986 -4.287 -2.715 -0.284 C15 KIO 26 
KIO C16 C17 C 0 1 N N R 19.165 9.262  13.867 -4.488 -0.214 -0.616 C16 KIO 27 
KIO C17 C18 C 0 1 N N R 18.446 7.136  13.476 -4.744 1.736  0.643  C17 KIO 28 
KIO C18 C19 C 0 1 N N N 17.659 6.288  12.491 -4.230 2.248  1.987  C18 KIO 29 
KIO C19 C20 C 0 1 N N N 15.486 5.320  13.061 -3.135 4.069  0.844  C19 KIO 30 
KIO C20 C21 C 0 1 N N N 13.981 5.518  13.077 -1.942 4.950  0.573  C20 KIO 31 
KIO C21 C22 C 0 1 N N N 13.014 7.742  13.156 -0.346 3.670  -0.683 C21 KIO 32 
KIO C22 C23 C 0 1 N N N 12.749 9.015  12.373 0.301  3.224  -1.969 C22 KIO 33 
KIO C23 C24 C 0 1 N N S 17.754 7.552  14.783 -6.051 0.952  0.847  C23 KIO 34 
KIO C24 C25 C 0 1 N N R 18.076 9.060  14.924 -5.869 -0.352 0.047  C24 KIO 35 
KIO C25 C26 C 0 1 N N S 15.465 10.196 8.466  2.195  0.044  1.303  C25 KIO 36 
KIO C26 C27 C 0 1 N N R 16.755 9.500  8.015  3.654  -0.458 1.388  C26 KIO 37 
KIO N10 N6  N 0 1 Y N N 19.322 10.594 13.287 -3.747 -1.470 -0.502 N10 KIO 38 
KIO N11 N7  N 0 1 N N N 16.210 6.353  12.635 -3.018 3.065  1.759  N11 KIO 39 
KIO N12 N8  N 0 1 N N N 13.538 6.744  12.447 -1.371 4.576  -0.745 N12 KIO 40 
KIO N5  N9  N 0 1 N N N 13.997 9.635  11.938 0.921  1.907  -1.774 N5  KIO 41 
KIO N6  N10 N 0 1 Y N N 18.838 12.579 12.306 -2.078 -2.895 -0.458 N6  KIO 42 
KIO N7  N11 N 0 1 N N N 21.155 14.365 11.318 -2.457 -5.913 -0.050 N7  KIO 43 
KIO N8  N12 N 0 1 Y N N 22.547 12.690 12.101 -4.745 -5.354 0.090  N8  KIO 44 
KIO N9  N13 N 0 1 Y N N 21.757 10.685 13.184 -5.517 -3.184 -0.109 N9  KIO 45 
KIO O2  O6  O 0 1 N N N 15.984 4.260  13.433 -4.181 4.251  0.258  O2  KIO 46 
KIO O6  O7  O 0 1 N N N 15.544 11.603 8.257  1.286  -0.982 1.706  O6  KIO 47 
KIO O7  O8  O 0 1 N N N 17.868 10.385 8.022  3.693  -1.811 1.846  O7  KIO 48 
KIO H1  H1  H 0 1 N N N 13.561 10.888 10.306 0.165  1.460  0.135  H1  KIO 49 
KIO H2  H2  H 0 1 N N N 13.381 9.128  9.992  1.624  2.480  0.121  H2  KIO 50 
KIO H3  H3  H 0 1 N N N 13.850 11.682 12.314 0.784  0.128  -2.882 H3  KIO 51 
KIO H4  H4  H 0 1 N N N 13.971 10.635 13.769 -0.536 1.290  -3.155 H4  KIO 52 
KIO H5  H5  H 0 1 N N N 21.021 5.425  8.719  8.184  -3.649 0.210  H5  KIO 53 
KIO H6  H6  H 0 1 N N N 17.868 9.252  16.861 -7.781 -0.564 -0.584 H6  KIO 54 
KIO H7  H7  H 0 1 N N N 17.908 8.513  9.537  4.056  -1.322 -0.571 H7  KIO 55 
KIO H8  H8  H 0 1 N N N 16.049 10.531 10.519 1.555  -0.461 -0.718 H8  KIO 56 
KIO H9  H9  H 0 1 N N N 14.850 6.868  7.773  5.399  2.218  -0.245 H9  KIO 57 
KIO H10 H10 H 0 1 N N N 17.897 7.027  16.662 -8.012 1.250  0.438  H10 KIO 58 
KIO H11 H11 H 0 1 N N N 18.927 2.430  6.472  10.131 1.244  -0.134 H11 KIO 59 
KIO H12 H12 H 0 1 N N N 17.403 2.459  7.058  11.082 -0.137 -0.024 H12 KIO 60 
KIO H13 H13 H 0 1 N N N 23.716 11.163 12.818 -6.741 -4.819 0.199  H13 KIO 61 
KIO H14 H14 H 0 1 N N N 20.123 8.970  14.322 -4.610 0.051  -1.667 H14 KIO 62 
KIO H15 H15 H 0 1 N N N 19.348 6.569  13.751 -4.916 2.572  -0.035 H15 KIO 63 
KIO H16 H16 H 0 1 N N N 17.967 5.240  12.622 -4.997 2.858  2.463  H16 KIO 64 
KIO H17 H17 H 0 1 N N N 17.915 6.621  11.475 -3.984 1.402  2.629  H17 KIO 65 
KIO H18 H18 H 0 1 N N N 13.645 5.527  14.124 -2.254 5.994  0.555  H18 KIO 66 
KIO H19 H19 H 0 1 N N N 13.516 4.672  12.550 -1.195 4.804  1.354  H19 KIO 67 
KIO H20 H20 H 0 1 N N N 12.200 9.722  13.012 -0.455 3.158  -2.752 H20 KIO 68 
KIO H21 H21 H 0 1 N N N 12.141 8.773  11.489 1.064  3.946  -2.260 H21 KIO 69 
KIO H22 H22 H 0 1 N N N 16.667 7.406  14.700 -6.198 0.731  1.904  H22 KIO 70 
KIO H23 H23 H 0 1 N N N 17.187 9.654  14.664 -5.884 -1.213 0.716  H23 KIO 71 
KIO H24 H24 H 0 1 N N N 14.602 9.760  7.941  2.061  0.934  1.917  H24 KIO 72 
KIO H25 H25 H 0 1 N N N 16.605 9.061  7.018  4.241  0.183  2.046  H25 KIO 73 
KIO H26 H26 H 0 1 N N N 15.742 7.206  12.405 -2.189 2.896  2.233  H26 KIO 74 
KIO H27 H27 H 0 1 N N N 13.628 6.844  11.456 -1.697 4.944  -1.581 H27 KIO 75 
KIO H29 H29 H 0 1 N N N 22.056 14.726 11.075 -2.660 -6.852 0.086  H29 KIO 76 
KIO H30 H30 H 0 1 N N N 20.607 14.252 10.489 -1.538 -5.627 -0.169 H30 KIO 77 
KIO H31 H31 H 0 1 N N N 14.736 12.012 8.543  1.364  -1.234 2.637  H31 KIO 78 
KIO H32 H32 H 0 1 N N N 18.646 9.919  7.738  3.325  -1.938 2.731  H32 KIO 79 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
KIO N   C   SING N N 1  
KIO C   C3  DOUB Y N 2  
KIO C   N1  SING Y N 3  
KIO N3  C3  SING Y N 4  
KIO N3  C4  DOUB Y N 5  
KIO C3  C2  SING Y N 6  
KIO N1  C1  DOUB Y N 7  
KIO C4  N4  SING Y N 8  
KIO C26 O7  SING N N 9  
KIO C26 C25 SING N N 10 
KIO C26 C5  SING N N 11 
KIO O6  C25 SING N N 12 
KIO C2  N4  SING Y N 13 
KIO C2  N2  DOUB Y N 14 
KIO C1  N2  SING Y N 15 
KIO N4  C5  SING N N 16 
KIO C25 C6  SING N N 17 
KIO C5  O   SING N N 18 
KIO C6  O   SING N N 19 
KIO C6  C7  SING N N 20 
KIO C7  N5  SING N N 21 
KIO N7  C13 SING N N 22 
KIO C13 N8  DOUB Y N 23 
KIO C13 C12 SING Y N 24 
KIO N5  C22 SING N N 25 
KIO N5  C8  SING N N 26 
KIO N8  C14 SING Y N 27 
KIO N6  C12 SING Y N 28 
KIO N6  C11 DOUB Y N 29 
KIO C22 C21 SING N N 30 
KIO C12 C15 DOUB Y N 31 
KIO N12 C20 SING N N 32 
KIO N12 C21 SING N N 33 
KIO C18 N11 SING N N 34 
KIO C18 C17 SING N N 35 
KIO N11 C19 SING N N 36 
KIO C14 N9  DOUB Y N 37 
KIO C8  C9  SING N N 38 
KIO C9  C10 TRIP N N 39 
KIO O1  C17 SING N N 40 
KIO O1  C16 SING N N 41 
KIO C11 C10 SING N N 42 
KIO C11 N10 SING Y N 43 
KIO C15 N9  SING Y N 44 
KIO C15 N10 SING Y N 45 
KIO C19 C20 SING N N 46 
KIO C19 O2  DOUB N N 47 
KIO C21 O3  DOUB N N 48 
KIO N10 C16 SING N N 49 
KIO C17 C23 SING N N 50 
KIO C16 C24 SING N N 51 
KIO C23 C24 SING N N 52 
KIO C23 O4  SING N N 53 
KIO C24 O5  SING N N 54 
KIO C7  H1  SING N N 55 
KIO C7  H2  SING N N 56 
KIO C8  H3  SING N N 57 
KIO C8  H4  SING N N 58 
KIO C1  H5  SING N N 59 
KIO O5  H6  SING N N 60 
KIO C5  H7  SING N N 61 
KIO C6  H8  SING N N 62 
KIO C4  H9  SING N N 63 
KIO O4  H10 SING N N 64 
KIO N   H11 SING N N 65 
KIO N   H12 SING N N 66 
KIO C14 H13 SING N N 67 
KIO C16 H14 SING N N 68 
KIO C17 H15 SING N N 69 
KIO C18 H16 SING N N 70 
KIO C18 H17 SING N N 71 
KIO C20 H18 SING N N 72 
KIO C20 H19 SING N N 73 
KIO C22 H20 SING N N 74 
KIO C22 H21 SING N N 75 
KIO C23 H22 SING N N 76 
KIO C24 H23 SING N N 77 
KIO C25 H24 SING N N 78 
KIO C26 H25 SING N N 79 
KIO N11 H26 SING N N 80 
KIO N12 H27 SING N N 81 
KIO N7  H29 SING N N 82 
KIO N7  H30 SING N N 83 
KIO O6  H31 SING N N 84 
KIO O7  H32 SING N N 85 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
KIO InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C27H31N13O8/c28-22-16-24(34-8-32-22)39(10-36-16)26-20(45)19(44)12(48-26)6-38-3-1-2-13-37-17-23(29)33-9-35-25(17)40(13)27-21(46)18(43)11(47-27)4-30-14(41)5-31-15(42)7-38/h8-12,18-21,26-27,43-46H,3-7H2,(H,30,41)(H,31,42)(H2,28,32,34)(H2,29,33,35)/t11-,12-,18-,19-,20-,21-,26-,27-/m1/s1" 
KIO InChIKey         InChI                1.06  PTXCAMBXJMFPQL-WNZAMUCISA-N                                                                                                                                                                                                                                                                            
KIO SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CN4CC#Cc5nc6c(N)ncnc6n5[C@@H]7O[C@H](CNC(=O)CNC(=O)C4)[C@@H](O)[C@H]7O)[C@@H](O)[C@H]3O"                                                                                                                                                                                
KIO SMILES           CACTVS               3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[CH]3O[CH](CN4CC#Cc5nc6c(N)ncnc6n5[CH]7O[CH](CNC(=O)CNC(=O)C4)[CH](O)[CH]7O)[CH](O)[CH]3O"                                                                                                                                                                                            
KIO SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CN4CC#Cc5nc6c(ncnc6n5[C@H]7[C@@H]([C@@H]([C@H](O7)CNC(=O)CNC(=O)C4)O)O)N)O)O)N"                                                                                                                                                                        
KIO SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1nc(c2c(n1)n(cn2)C3C(C(C(O3)CN4CC#Cc5nc6c(ncnc6n5C7C(C(C(O7)CNC(=O)CNC(=O)C4)O)O)N)O)O)N"                                                                                                                                                                                                            
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           KIO 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   3.1.0.0 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "(1~{R},22~{R},23~{S},24~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-23,24-bis(oxidanyl)-25-oxa-2,4,6,9,14,17,20-heptazatetracyclo[20.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]pentacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,19-dione" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
KIO "Create component"  2022-05-25 PDBE 
KIO "Modify descriptor" 2022-08-22 RCSB 
KIO "Initial release"   2023-01-11 RCSB 
# 
