data_TTP
# 
_chem_comp.id                                    TTP 
_chem_comp.name                                  "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type                                  NON-POLYMER 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C10 H17 N2 O14 P3" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     1999-07-08 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2011-06-04 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        482.168 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     TTP 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        1CR1 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBJ 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
TTP PA     PA   P 0 1 N N S -9.963  29.506 42.783 -0.769 0.002  1.536  PA     TTP 1  
TTP O1A    O1A  O 0 1 N N N -8.834  30.454 42.967 0.046  -1.209 1.299  O1A    TTP 2  
TTP O2A    O2A  O 0 1 N N N -11.084 29.903 41.889 -2.194 -0.422 2.153  O2A    TTP 3  
TTP O3A    O3A  O 0 1 N N N -9.404  28.130 42.257 -0.004 0.970  2.571  O3A    TTP 4  
TTP PB     PB   P 0 1 N N S -9.208  27.653 40.745 0.188  0.135  3.934  PB     TTP 5  
TTP O1B    O1B  O 0 1 N N N -8.955  28.879 39.978 -1.137 -0.257 4.463  O1B    TTP 6  
TTP O2B    O2B  O 0 1 N N N -8.202  26.573 40.708 1.059  -1.184 3.636  O2B    TTP 7  
TTP O3B    O3B  O 0 1 N N N -10.686 27.113 40.379 0.950  1.048  5.019  O3B    TTP 8  
TTP PG     PG   P 0 1 N N N -11.631 26.841 39.016 1.108  0.155  6.349  PG     TTP 9  
TTP O1G    O1G  O 0 1 N N N -11.327 27.860 37.996 1.895  -1.058 6.038  O1G    TTP 10 
TTP O2G    O2G  O 0 1 N N N -11.523 25.427 38.592 1.867  1.011  7.483  O2G    TTP 11 
TTP O3G    O3G  O 0 1 N N N -13.104 27.086 39.543 -0.348 -0.271 6.885  O3G    TTP 12 
TTP "O5'"  O5*  O 0 1 N N N -10.621 29.155 44.189 -0.996 0.777  0.144  "O5'"  TTP 13 
TTP "C5'"  C5*  C 0 1 N N N -11.927 28.492 44.109 -1.675 -0.129 -0.727 "C5'"  TTP 14 
TTP "C4'"  C4*  C 0 1 N N R -12.734 28.649 45.422 -1.923 0.548  -2.076 "C4'"  TTP 15 
TTP "O4'"  O4*  O 0 1 N N N -12.061 27.978 46.478 -0.674 0.818  -2.751 "O4'"  TTP 16 
TTP "C3'"  C3*  C 0 1 N N S -12.926 30.095 45.880 -2.660 -0.413 -3.043 "C3'"  TTP 17 
TTP "O3'"  O3*  O 0 1 N N N -14.280 30.321 46.259 -4.074 -0.341 -2.854 "O3'"  TTP 18 
TTP "C2'"  C2*  C 0 1 N N N -11.924 30.250 47.035 -2.258 0.149  -4.428 "C2'"  TTP 19 
TTP "C1'"  C1*  C 0 1 N N R -11.875 28.822 47.559 -0.978 0.960  -4.149 "C1'"  TTP 20 
TTP N1     N1   N 0 1 N N N -10.554 28.470 48.225 0.128  0.438  -4.955 N1     TTP 21 
TTP C2     C2   C 0 1 N N N -10.755 28.217 49.614 0.513  -0.842 -4.809 C2     TTP 22 
TTP O2     O2   O 0 1 N N N -11.885 28.295 50.125 -0.062 -1.553 -4.008 O2     TTP 23 
TTP N3     N3   N 0 1 N N N -9.667  27.874 50.367 1.526  -1.347 -5.536 N3     TTP 24 
TTP C4     C4   C 0 1 N N N -8.459  27.790 49.823 2.171  -0.573 -6.432 C4     TTP 25 
TTP O4     O4   O 0 1 N N N -7.447  27.450 50.642 3.088  -1.030 -7.091 O4     TTP 26 
TTP C5     C5   C 0 1 N N N -8.243  28.049 48.413 1.779  0.777  -6.593 C5     TTP 27 
TTP C5M    C5M  C 0 1 N N N -6.872  27.943 47.818 2.487  1.664  -7.584 C5M    TTP 28 
TTP C6     C6   C 0 1 N N N -9.324  28.376 47.686 0.760  1.258  -5.850 C6     TTP 29 
TTP HOA2   2HOA H 0 0 N N N -11.805 29.296 41.771 -2.693 0.393  2.292  HOA2   TTP 30 
TTP HOB2   2HOB H 0 0 N N N -8.085  26.289 39.808 1.913  -0.884 3.293  HOB2   TTP 31 
TTP HOG2   2HOG H 0 0 N N N -12.057 25.273 37.821 1.940  0.441  8.261  HOG2   TTP 32 
TTP HOG3   3HOG H 0 0 N N N -13.638 26.932 38.772 -0.827 0.546  7.076  HOG3   TTP 33 
TTP "H5'1" 1H5* H 0 0 N N N -12.510 28.849 43.228 -2.629 -0.414 -0.283 "H5'1" TTP 34 
TTP "H5'2" 2H5* H 0 0 N N N -11.820 27.419 43.823 -1.063 -1.019 -0.874 "H5'2" TTP 35 
TTP "H4'"  H4*  H 0 1 N N N -13.737 28.219 45.196 -2.492 1.468  -1.943 "H4'"  TTP 36 
TTP "H3'"  H3*  H 0 1 N N N -12.734 30.853 45.085 -2.304 -1.436 -2.920 "H3'"  TTP 37 
TTP "HO3'" *HO3 H 0 0 N N N -14.399 31.219 46.543 -4.476 -0.888 -3.543 "HO3'" TTP 38 
TTP "H2'1" 1H2* H 0 0 N N N -10.939 30.696 46.761 -3.042 0.796  -4.819 "H2'1" TTP 39 
TTP "H2'2" 2H2* H 0 0 N N N -12.176 31.031 47.789 -2.050 -0.663 -5.124 "H2'2" TTP 40 
TTP "H1'"  H1*  H 0 1 N N N -12.667 28.712 48.335 -1.146 2.011  -4.387 "H1'"  TTP 41 
TTP HN3    HN3  H 0 1 N N N -9.759  27.675 51.363 1.790  -2.273 -5.418 HN3    TTP 42 
TTP HM51   1HM5 H 0 0 N N N -6.705  28.142 46.733 3.274  1.098  -8.082 HM51   TTP 43 
TTP HM52   2HM5 H 0 0 N N N -6.186  28.600 48.402 1.773  2.022  -8.326 HM52   TTP 44 
TTP HM53   3HM5 H 0 0 N N N -6.467  26.930 48.052 2.926  2.514  -7.062 HM53   TTP 45 
TTP H6     H6   H 0 1 N N N -9.197  28.574 46.608 0.445  2.285  -5.962 H6     TTP 46 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
TTP PA    O1A    DOUB N N 1  
TTP PA    O2A    SING N N 2  
TTP PA    O3A    SING N N 3  
TTP PA    "O5'"  SING N N 4  
TTP O2A   HOA2   SING N N 5  
TTP O3A   PB     SING N N 6  
TTP PB    O1B    DOUB N N 7  
TTP PB    O2B    SING N N 8  
TTP PB    O3B    SING N N 9  
TTP O2B   HOB2   SING N N 10 
TTP O3B   PG     SING N N 11 
TTP PG    O1G    DOUB N N 12 
TTP PG    O2G    SING N N 13 
TTP PG    O3G    SING N N 14 
TTP O2G   HOG2   SING N N 15 
TTP O3G   HOG3   SING N N 16 
TTP "O5'" "C5'"  SING N N 17 
TTP "C5'" "C4'"  SING N N 18 
TTP "C5'" "H5'1" SING N N 19 
TTP "C5'" "H5'2" SING N N 20 
TTP "C4'" "O4'"  SING N N 21 
TTP "C4'" "C3'"  SING N N 22 
TTP "C4'" "H4'"  SING N N 23 
TTP "O4'" "C1'"  SING N N 24 
TTP "C3'" "O3'"  SING N N 25 
TTP "C3'" "C2'"  SING N N 26 
TTP "C3'" "H3'"  SING N N 27 
TTP "O3'" "HO3'" SING N N 28 
TTP "C2'" "C1'"  SING N N 29 
TTP "C2'" "H2'1" SING N N 30 
TTP "C2'" "H2'2" SING N N 31 
TTP "C1'" N1     SING N N 32 
TTP "C1'" "H1'"  SING N N 33 
TTP N1    C2     SING N N 34 
TTP N1    C6     SING N N 35 
TTP C2    O2     DOUB N N 36 
TTP C2    N3     SING N N 37 
TTP N3    C4     SING N N 38 
TTP N3    HN3    SING N N 39 
TTP C4    O4     DOUB N N 40 
TTP C4    C5     SING N N 41 
TTP C5    C5M    SING N N 42 
TTP C5    C6     DOUB N N 43 
TTP C5M   HM51   SING N N 44 
TTP C5M   HM52   SING N N 45 
TTP C5M   HM53   SING N N 46 
TTP C6    H6     SING N N 47 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
TTP SMILES           ACDLabs              10.04 "O=P(O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC2OC(N1C(=O)NC(=O)C(=C1)C)CC2O"                                                                                                                                
TTP SMILES_CANONICAL CACTVS               3.341 "CC1=CN([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O"                                                                                                          
TTP SMILES           CACTVS               3.341 "CC1=CN([CH]2C[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O"                                                                                                                 
TTP SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2C[C@@H]([C@H](O2)CO[P@](=O)(O)O[P@@](=O)(O)OP(=O)(O)O)O"                                                                                                            
TTP SMILES           "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2CC(C(O2)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O"                                                                                                                                
TTP InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C10H17N2O14P3/c1-5-3-12(10(15)11-9(5)14)8-2-6(13)7(24-8)4-23-28(19,20)26-29(21,22)25-27(16,17)18/h3,6-8,13H,2,4H2,1H3,(H,19,20)(H,21,22)(H,11,14,15)(H2,16,17,18)/t6-,7+,8+/m0/s1" 
TTP InChIKey         InChI                1.03  NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N                                                                                                                                                                  
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
TTP "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              10.04 
;thymidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)
;
TTP "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl (hydroxy-phosphonooxy-phosphoryl) hydrogen phosphate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
TTP "Create component"  1999-07-08 PDBJ 
TTP "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB 
# 
