data_YHT
# 
_chem_comp.id                                    YHT 
_chem_comp.name                                  "5'-O-{(S)-hydroxy[(prop-2-yn-1-yl)oxy]phosphoryl}adenosine" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C13 H16 N5 O7 P" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2023-02-03 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2023-02-10 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        385.269 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     YHT 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        8G0V 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
YHT C1  C1  C 0 1 N N S 15.433 -24.504 9.168  -0.270 -2.659 -0.332 C1  YHT 1  
YHT C2  C2  C 0 1 N N R 16.424 -25.672 9.155  -1.709 -2.118 -0.179 C2  YHT 2  
YHT C3  C3  C 0 1 N N R 16.575 -25.881 7.649  -1.521 -0.726 0.464  C3  YHT 3  
YHT C4  C4  C 0 1 Y N N 17.602 -24.093 6.153  -2.291 1.085  -1.115 C4  YHT 4  
YHT C5  C5  C 0 1 Y N N 19.673 -24.421 6.498  -4.327 1.418  -0.449 C5  YHT 5  
YHT C6  C6  C 0 1 Y N N 19.007 -25.342 7.282  -3.782 0.407  0.361  C6  YHT 6  
YHT C12 C7  C 0 1 N N N 15.134 -21.649 4.306  6.671  2.325  1.331  C12 YHT 7  
YHT C13 C8  C 0 1 N N N 16.133 -21.095 4.585  6.970  3.056  2.200  C13 YHT 8  
YHT C10 C9  C 0 1 N N N 13.715 -23.755 7.414  1.909  -1.408 -0.582 C10 YHT 9  
YHT C11 C10 C 0 1 N N N 13.865 -22.283 3.951  6.297  1.408  0.243  C11 YHT 10 
YHT C7  C11 C 0 1 Y N N 20.892 -26.160 8.070  -5.774 0.267  1.498  C7  YHT 11 
YHT C8  C12 C 0 1 Y N N 21.077 -24.435 6.532  -5.656 1.812  -0.213 C8  YHT 12 
YHT C9  C13 C 0 1 N N R 14.493 -24.893 8.024  0.621  -1.531 0.235  C9  YHT 13 
YHT N1  N1  N 0 1 Y N N 17.671 -25.126 7.049  -2.495 0.223  -0.079 N1  YHT 14 
YHT N2  N2  N 0 1 Y N N 18.777 -23.639 5.788  -3.367 1.785  -1.331 N2  YHT 15 
YHT N3  N3  N 0 1 Y N N 19.567 -26.252 8.098  -4.534 -0.135 1.313  N3  YHT 16 
YHT N4  N4  N 0 1 Y N N 21.666 -25.330 7.362  -6.331 1.211  0.762  N4  YHT 17 
YHT N5  N5  N 0 1 N N N 21.834 -23.608 5.813  -6.247 2.802  -0.978 N5  YHT 18 
YHT O1  O1  O 0 1 N N N 14.755 -24.368 10.411 -0.103 -3.858 0.427  O1  YHT 19 
YHT O2  O2  O 0 1 N N N 15.358 -25.476 7.024  -0.178 -0.332 0.105  O2  YHT 20 
YHT O3  O3  O 0 1 N N N 15.848 -26.835 9.705  -2.475 -2.966 0.679  O3  YHT 21 
YHT O4  O4  O 0 1 N N N 12.977 -24.243 6.292  2.768  -0.442 0.026  O4  YHT 22 
YHT O5  O5  O 0 1 N N N 11.160 -22.526 6.629  4.033  0.645  -2.006 O5  YHT 23 
YHT O6  O6  O 0 1 N N N 12.892 -22.051 4.982  4.953  0.961  0.437  O6  YHT 24 
YHT O7  O7  O 0 1 N N N 11.322 -23.963 4.491  5.029  -1.283 -0.717 O7  YHT 25 
YHT P1  P1  P 0 1 N N N 11.974 -23.207 5.590  4.214  -0.057 -0.568 P1  YHT 26 
YHT H1  H1  H 0 1 N N N 15.961 -23.575 8.906  -0.038 -2.837 -1.382 H1  YHT 27 
YHT H2  H2  H 0 1 N N N 17.380 -25.394 9.622  -2.189 -2.028 -1.154 H2  YHT 28 
YHT H3  H3  H 0 1 N N N 16.739 -26.954 7.468  -1.620 -0.792 1.547  H3  YHT 29 
YHT H4  H4  H 0 1 N N N 16.670 -23.691 5.783  -1.370 1.177  -1.673 H4  YHT 30 
YHT H5  H5  H 0 1 N N N 17.034 -20.596 4.836  7.237  3.711  2.976  H5  YHT 31 
YHT H6  H6  H 0 1 N N N 14.410 -22.969 7.084  2.413  -2.374 -0.613 H6  YHT 32 
YHT H7  H7  H 0 1 N N N 13.021 -23.342 8.160  1.667  -1.092 -1.596 H7  YHT 33 
YHT H8  H8  H 0 1 N N N 13.499 -21.860 3.004  6.372  1.928  -0.713 H8  YHT 34 
YHT H9  H9  H 0 1 N N N 14.020 -23.366 3.834  6.969  0.550  0.243  H9  YHT 35 
YHT H10 H10 H 0 1 N N N 21.419 -26.853 8.709  -6.359 -0.195 2.280  H10 YHT 36 
YHT H11 H11 H 0 1 N N N 13.786 -25.651 8.392  0.853  -1.721 1.283  H11 YHT 37 
YHT H12 H12 H 0 1 N N N 22.799 -23.784 6.008  -5.744 3.232  -1.687 H12 YHT 38 
YHT H13 H13 H 0 1 N N N 21.658 -23.756 4.840  -7.164 3.065  -0.805 H13 YHT 39 
YHT H14 H14 H 0 1 N N N 15.377 -24.127 11.087 -0.661 -4.591 0.133  H14 YHT 40 
YHT H15 H15 H 0 1 N N N 15.745 -26.725 10.643 -2.573 -3.871 0.351  H15 YHT 41 
YHT H16 H16 H 0 1 N N N 10.237 -22.667 6.452  3.508  1.457  -1.984 H16 YHT 42 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
YHT C11 C12 SING N N 1  
YHT C11 O6  SING N N 2  
YHT C12 C13 TRIP N N 3  
YHT O7  P1  DOUB N N 4  
YHT O6  P1  SING N N 5  
YHT P1  O4  SING N N 6  
YHT P1  O5  SING N N 7  
YHT N2  C4  DOUB Y N 8  
YHT N2  C5  SING Y N 9  
YHT N5  C8  SING N N 10 
YHT C4  N1  SING Y N 11 
YHT O4  C10 SING N N 12 
YHT C5  C8  SING Y N 13 
YHT C5  C6  DOUB Y N 14 
YHT C8  N4  DOUB Y N 15 
YHT O2  C3  SING N N 16 
YHT O2  C9  SING N N 17 
YHT N1  C6  SING Y N 18 
YHT N1  C3  SING N N 19 
YHT C6  N3  SING Y N 20 
YHT N4  C7  SING Y N 21 
YHT C10 C9  SING N N 22 
YHT C3  C2  SING N N 23 
YHT C9  C1  SING N N 24 
YHT C7  N3  DOUB Y N 25 
YHT C2  C1  SING N N 26 
YHT C2  O3  SING N N 27 
YHT C1  O1  SING N N 28 
YHT C1  H1  SING N N 29 
YHT C2  H2  SING N N 30 
YHT C3  H3  SING N N 31 
YHT C4  H4  SING N N 32 
YHT C13 H5  SING N N 33 
YHT C10 H6  SING N N 34 
YHT C10 H7  SING N N 35 
YHT C11 H8  SING N N 36 
YHT C11 H9  SING N N 37 
YHT C7  H10 SING N N 38 
YHT C9  H11 SING N N 39 
YHT N5  H12 SING N N 40 
YHT N5  H13 SING N N 41 
YHT O1  H14 SING N N 42 
YHT O3  H15 SING N N 43 
YHT O5  H16 SING N N 44 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
YHT SMILES           ACDLabs              12.01 "O=P(O)(OCC#C)OCC1OC(n2cnc3c(N)ncnc32)C(O)C1O"                                                                                                                              
YHT InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C13H16N5O7P/c1-2-3-23-26(21,22)24-4-7-9(19)10(20)13(25-7)18-6-17-8-11(14)15-5-16-12(8)18/h1,5-7,9-10,13,19-20H,3-4H2,(H,21,22)(H2,14,15,16)/t7-,9-,10-,13-/m1/s1" 
YHT InChIKey         InChI                1.06  JGOCYNVVFDYFDU-QYVSTXNMSA-N                                                                                                                                                 
YHT SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(=O)OCC#C)[C@@H](O)[C@H]3O"                                                                                                          
YHT SMILES           CACTVS               3.385 "Nc1ncnc2n(cnc12)[CH]3O[CH](CO[P](O)(=O)OCC#C)[CH](O)[CH]3O"                                                                                                                
YHT SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C#CCOP(=O)(O)OC[C@@H]1[C@H]([C@H]([C@@H](O1)n2cnc3c2ncnc3N)O)O"                                                                                                            
YHT SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C#CCOP(=O)(O)OCC1C(C(C(O1)n2cnc3c2ncnc3N)O)O"                                                                                                                              
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
YHT "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              12.01 "5'-O-{(S)-hydroxy[(prop-2-yn-1-yl)oxy]phosphoryl}adenosine"                                                          
YHT "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl prop-2-ynyl hydrogen phosphate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
YHT "Create component" 2023-02-03 RCSB 
YHT "Initial release"  2023-02-15 RCSB 
# 
