#!/bin/sh

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# Script for mirroring PDB FTP archive using rsync
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# This script is being provided to PDB users as a template for using rsync 
# to mirror the FTP archive from an anonymous rsync server. You may want 
# to review rsync documentation for options that better suit your needs.
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# Author: Thomas Solomon
# Date:   November 1, 2002

# Last Updated on: May 14, 2014

# Comment out the following line if you no longer want to see this info
echo "Prior to first use, you must edit this script to choose a server name, port number, and rsync option!"

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# You should CHANGE THE NEXT THREE LINES to suit your local setup
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MIRRORDIR=<your local ftp directory>                 # your top level rsync directory
LOGFILE=<your local ftp directory>/logs               # file for storing logs
RSYNC=<your local>/rsync                             # location of local rsync

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#        YOU MUST UNCOMMENT YOUR CHOICE OF SERVER AND CORRESPONDING PORT BELOW
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#SERVER=rsync.wwpdb.org::ftp                                   # RCSB PDB server name
#PORT=33444                                                    # port RCSB PDB server is using
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#SERVER=rsync.ebi.ac.uk::pub/databases/rcsb/pdb-remediated     # PDBe server name
#PORT=873                                                      # port PDBe server is using
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#SERVER=pdb.protein.osaka-u.ac.jp::ftp                         # PDBj server name
#PORT=873                                                      # port PDBj server is using
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#                                                                          #
#                                                                          #
#     YOU MUST UNCOMMENT THE RYSNC OPTION BELOW THAT MEETS YOUR NEEDS!     #
#                                                                          #
#                                                                          #
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# Targets to mirror the entire/parts of the FTP Tree 
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# Rsync the entire FTP archive /pub/pdb (Aproximately 250 GB)
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#${RSYNC} -rlpt -v -z --delete --port=$PORT ${SERVER}/ $MIRRORDIR > $LOGFILE 2>/dev/null


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# Rsync only the data directory /pub/pdb/data (Aproximately 192 GB)
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#${RSYNC} -rlpt -v -z --delete --port=$PORT ${SERVER}/data/ $MIRRORDIR/data > $LOGFILE 2>/dev/null


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#  Rsync only the derived data directory /pub/pdb/derived_data (Aproximately 163 MB)
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#${RSYNC} -rlpt -v -z --delete --port=$PORT ${SERVER}/derived_data/ $MIRRORDIR/derived_data > $LOGFILE 2>/dev/null


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#  Rsync only the doc directory /pub/pdb/doc (Aproximately 360 MB)
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#${RSYNC} -rlpt -v -z --delete --port=$PORT ${SERVER}/doc/ $MIRRORDIR/doc > $LOGFILE 2>/dev/null



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# Targets to rsync only specific coordinate formats
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# Rsync only the PDB format coordinates  /pub/pdb/data/structures/divided/pdb (Aproximately 20 GB)
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#${RSYNC} -rlpt -v -z --delete --port=$PORT ${SERVER}/data/structures/divided/pdb/ $MIRRORDIR > $LOGFILE 2>/dev/null


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# Rsync only the mmCIF format coordinates  /pub/pdb/data/structures/divided/mmCIF (Aproximately 24 GB)
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#${RSYNC} -rlpt -v -z --delete --port=$PORT ${SERVER}/data/structures/divided/mmCIF/ $MIRRORDIR > $LOGFILE 2>/dev/null


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# Rsync only the XML format coordinates  /pub/pdb/data/structures/divided/XML (Aproximately 35 GB)
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#${RSYNC} -rlpt -v -z --delete --port=$PORT ${SERVER}/data/structures/divided/XML/ $MIRRORDIR > $LOGFILE 2>/dev/null